הצנתור מתבצע בהרדמה
כללית ונמשך מספר שעות. יש להימנע מתזוזות של המטופל בעת הטיפול. בתום הצנתור מעיר המרדים את החולה וזה מועבר ליחידת טיפול נמרץ. את המפרצות שלא ניתן לסגור בצנתור ניתן לנסות לסגור בניתוח פתוח נוירוכירורגי. במהלך הצנתור, מדגימים את המפרצת, את מיקומה, יחסה לענפים נורמליים שכנים, את גודל הפתח (צוואר המפרצת) המחבר אותה לעורק המזין ופרטים חשובים נוספים.
לאחר מכן, מכניסים קטטר זעיר לשק המפרצת, דרכו מוחדרים סלילי פלטיניום בגדלים ובאורכים שונים. סלילי הפלטיניום מונעים מעבר דם אל המפרצת, יוצרים קריש דם בתוך השק ובכך סוגרים את המפרצת. לאחר ניתוק הסלילים בתוך השק המצנתר מוודא שכל כלי הדם השכנים פתוחים וללא חסימות חדשות במהלך הפעולה והצנתור מסתיים בסגירת מקום דיקור (במפשעה או ביד).